La clinica Villa Esther è dotata di un blocco operatorio conforme ai criteri igienico sanitari previsti: si compone di una parte centrale che comprende due sale operatorie per interventi chirurgici, un locale per la vestizione dei pazienti e due pre sale per le procedure pre e post operatorie ( anestesie locali e regionali, incannulamento vasi centrali, sorveglianza nel post anestesia, ecc.).

Il blocco operatorio si completa con locali per il lavaggio e la sterilizzazione della strumentazione chirurgica, spogliatoi e servizi igienici per il personale e sala refertazione informatica degli interventi chirurgici. 

La disposizione dei locali consente la configurazione di percorsi separati per i pazienti, per il personale sanitario delle sale operatorie e per il trasporto del materiale cosidetto sporco.

Si è posta particolare attenzione nel dotare il blocco di strumentazioni mediche complete per l'assistenza dei pazienti e nell'adottare sistemi e procedure igienico sanitarie per la sicurezza loro e del personale sanitario.

Le attrezzature mediche comprendono:-respiratori automatici per anestesia generale e per l'eventuale assistenza respiratoria post operatoria-sistemi di monitoraggio dei parametri vitali ( compreso il TOF per il monitoraggio neuromuscolare) sia per le sale operatorie che per le sale di preparazione e risveglio.defibrillatori e stimolatore cardiaco esterno e interno temporaneofibroscopio e broncoscopio con video per le intubazioni difficili. Frigoemoteca per la conservazione del sangue per gli interventi di elezione ,e per le sacche di sangue gruppo O negativo sempre disponibili per le emergenze. 

Le sale operatorie sono dotate di impianto di condizionamento con filtraggio assoluto dell'aria, vengono effettuati controlli periodici sulla concentrazione microbica dell'aria ambiente e delle suppellettili ,compresa la ricerca di eventuali contaminazioni da legionella nei filtri dell'aria e nell'acqua per garantire il massimo della sicurezza. Vengono inoltre effettuate rilevazioni periodiche sulla concentrazione dei gas anestetici nell'aria e sull'emissioni di radiazioni ionizzanti dovute all'uso dell'apparecchio radiologico portatile.